| 1999 |
塔里木河干流整治及生态环境保护研究 |
宋郁东（1）樊自立（4）王让会（7）季方（10）马英杰（11）王烨（管） |
一等奖 |
| 1999 |
国家资源环境遥感宏观调查与动态研究 |
|
二等奖 |
| 1999 |
新疆洪水灾害及防洪减灾对策 |
陈亚宁（2） |
二等奖 |
| 1999 |
全国县级农业土地资源遥感调查 |
吴世新（15） |
特等奖 |
| 1999 |
塔克拉玛干沙漠综合科学考察 |
夏训诚（1）李崇舜（4）周兴佳（5） |
二等奖 |
| 1999 |
果品专用复（混）合肥的研究 |
黄子蔚（1）郭永平（2） |
二等奖 |
| 1999 |
《新疆植物志》第一、二、六卷 |
毛祖美（2）张荣生（6）刘建国（8）潘伯荣（管）高建新（管）卡德尔（管） |
二等奖 |
| 1999 |
新疆头屯河水库泄空冲刷清淤的调度控制研究 |
陈亚宁（1）李卫红（4）杨思全（9）宋郁东（管）崔旺诚（管） |
二等奖 |
| 1999 |
阿克苏地区渭干河灌区中低产土的治理与综合开发 |
张丙乾(1)张斌(2)田长彦(3)马世忠(4)艾合买的提(5) |
一等奖 |
| 1999 |
新疆典型绿洲经济发展与生态环境建设 |
黄文房（1）阎顺（2）李新（3）王树基（4）王永兴（5） |
三等奖 |
| 1998 |
《柽柳属植物综合研究及大面积推广应用》专著 |
刘名廷(1)刘渠华(5) |
二等奖 |
| 1998 |
塔里木河流域水资源利用、生态环境整治及经济发展战略研究 |
樊自立（1）李新（2）季方（3）张发旺(4)杨德刚（5）王让会（6）唐数红(7) |
三等奖 |
